Ülkemizde, Tohumluk Sertifikasyonu ile ilgili faaliyetlere ilk olarak Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi'nde başlanmıştır. Daha sonra, aynı amaçla 1959 yılında "Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon Enstitüsü" kurulmuş ve bu tarihten itibaren tohumluk sertifikasyonu ile ilgili hizmetler bu enstitü tarafından yürütülmüştür. Ülkemizde araştırma ve geliştirme faaliyetlerinin bir sonucu olarak yeni çeşitlerin ortaya konulması ve bu çeşitlerin tarafsız bir kuruluşça tescil edilmesi gereği üzerine 1960 yılında "Bölge Çeşit Deneme Enstitüsü" kurulmuştur. Aynı yıllarda ülkemizde tohumluk sertifikasyon hizmetlerin yaygınlaştırmak amacıyla Samsun, İstanbul, İzmir, Antalya ve Mersin'de tohumluk sertifikasyon laboratuvarları kurulmuştur.

21.08.1963 tarihinde 308 Sayılı "Tohumlukların Tescil, Kontrol ve Sertifikasyonu Hakkında Kanun" kabul edilmiş ve tohumlukların sertifikasyonuna ilişkin faaliyetler bu Kanun hükümlerine göre yürütülmüştür. Aynı yıl Ülkemiz ISTA'ya (Uluslararası Tohum Test Birliği) üye olmuştur. 1966 yılında ise sırasıyla şekerpancarı, hububat, mısır, ayçiçeği, soya, pamuk ve çayır mer'a ve yem bitkilerinde OECD (Ekonomik Kalkınma ve İşbirliği Teşkilatı) tohumluk sertifikasyon Sistemine dahil olmuş, 18 Kasım 2007 tarihi itibariyle de UPOV'a (Uluslararası Yeni Bitki Çeşitlerini Koruma Birliği) üye olmuştur

Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'nın teşkilat ve görevleri hakkındaki 3161 sayılı Kanun çerçevesinde 01.08.1986 tarihinde yapılan reorganizasyon sonucunda "Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon Enstitüsü" ve "Bölge Çeşit Deneme Enstitüsü" birleştirilmiştir. 01.01.1987 tarihinde yapılan yeni düzenleme ile Kuruluş "Tohumluk Tescil ve Sertifikasyon Merkez Müdürlüğü" olarak bugünkü adını almıştır.

Müdürlüğümüzde kalite güvence sistemi oluşturularak 2000 yılında TSE'den TS-EN-ISO 9002 belgesi alınmıştır. Sonrasında, kurulan sistem ve çalışmaların da katkısıyla 2001 yılında ISO/IEC 17025, EN 45001 ve ISO Guide 25 standartları çerçevesinde ISTA tarafından Müdürlüğümüzün akreditasyonu onaylanmıştır. Akreditasyon her üç yılda bir yapılan ISTA denetimiyle yenilenmektedir. Son denetim ve sonrasında akreditasyonun yenilemesi 2022 yılında yapılmıştır.

İthalat ve İhracat Uygulama Genelgeleri ile Müdürlüğümüz, 2016 yılında tohumluklara ithalat ve ihracat ön izni verme konusunda yetkilendirilmiştir. ​