Tarihi çok eskiye dayanan Beydere, Beytımarı namı altında şahıs arazisi olarak kullanılmakta iken, Fransız uyruklu Giftre tarafından satın alınmıştır. Giftre bu arazide bağ tesisleri kurarak şaraplık üzüm yetiştirmiştir. Şarapçılığın yanında at yetiştiriciliği yapılmış ve Av Çiftliği olarak ta kullanılmıştır.

1936 yılında hazinece istimlakine başlanılan çiftlik 1940 yılında, işlemleri tamamlanarak Ziraat Vekaletine devredilmiştir. Ziraat Vekaleti 5000 Dekara varan bu verimli topraklar üzerinde örnek bir çiftlik kurmuştur.

1943 yılında Beydere; Teknik Tarım Okulu kurulmuş, İşler Sermayeli Üretme Çiftliği okula bağlanmıştır.

1949 yılında okula ait arazilerin bir miktarı Manisa’da çalışmakta olan Pamuk Deneme ve Üretme Çiftliğine tefrik edilmiştir.

1951 yılında Pamuk Deneme ve Üretme Çiftliğinin İdaresi de Tarım Okulu Müdürlüğüne verilmiştir.

1959 yılında Bakanlar Kurulu kararıyla bütün arazi, mal varlığı ve Döner Sermayesi ile Devlet Üretme Çiftlikleri Umum Müdürlüğüne devredilmiştir. İsmi değiştirilerek Beydere Devlet Üretme Çiftliği olmuştur. Teknik Tarım Okulu Tarım İşleri Genel Müdürlüğüne bağlı olarak kalmıştır.

18/3/1961 gün ve 49 Sayılı Genelge ile 5433 Sayılı Kanunun 32. maddesini tadil eden 261 Sayılı Kanun ile devredilen bütün mallar ve vecibeleri yeniden Ziraat İşleri Genel Müdürlüğüne devri karara bağlanmıştır. Aynı tarihte 243 Sayılı tel emri ile 2582 Sayılı Kanuna göre Pamuk Tohumu Üretme faaliyetine de başlanmıştır.

Teknik Tarım Okulu 1967 yılına kadar öğretime devam etmiştir. Aynı tarihte bu okullar ihtiyaca cevap vermediğinden kapatılarak yerine Tarım Meslek Lisesi açılmıştır.

1967-1968 Öğrenim yılında Tarım Meslek Liseleri ile beraber ayrı bir statüde Ev Ekonomisi Okulu tedrisata başlamıştır.

Ev Ekonomisi Okulu 1975 yılına kadar devam etmiş ve kapanmıştır. Bunun yerine yeniden Tarım Teknik Okulu açılmıştır. 1978 yılında Pratik Çiftçi yetiştirmek gayesiyle 1 yıllık Pratik Tarım Okulu da açılmıştır.

Okul olarak ülke ziraatine büyük hizmetler sunan Beydere, çeşitli nedenlerle eğitime ara verme durumunda bırakılmış, Teknik Tarım Okulu, Tarım Meslek Lisesi ve Pratik Tarım Okulu 1979 öğrenim yılı sonunda tamamen kapanmıştır. Yapılan statü değişikliği nedeniyle ismi değişmemiş ve Beydere Zirai Üretim İşletmesi ve Çiftçi Eğitim Merkezi olmuştur.

1981 yılında Tarım Meslek Lisesi olarak tekrar açılmış ve okulun eğitimi de 4 yıla çıkarılmıştır. Halen öğrenimine devam etmekte olan okul, Bakanlığın aldığı kararla 1999-2000 öğretim yılı için öğrenci alımını durdurmuş ve mevcut öğrencilerin okulu bitirmelerine müteakip okulun kapatılması kararlaştırılmıştır.

2001 yılı içerisinde aynı müdürlük bünyesinde faaliyet gösteren Pamuk Deneme ve Üretme İstasyonu Müdürlüğünün adı ve görevlerinde değişiklik yapılarak Tohum Sertifikasyon Test Müdürlüğü olarak değiştirilmiş ve halen bu görevini sürdürmektedir.