​İç denetçi, denetlediği faaliyetlerden bağımsızdır. Bu bağımsızlık, yönetimden sorumlu olan üst yönetim ile denetimden sorumlu olan iç denetçiler arasındaki ilişkide birbirinden bağımsız olmayı, birbirine karışmamayı ve müdahale etmemeyi ifade etmektedir. AB komisyonu tarafından fonksiyonel bağımsızlık, iç denetçinin denetim konularında özgür bir mesleki değerlendirme gücü sağlayan özel bir statü şeklinde tanımlamıştır. İç denetçilerin bağımsızlığı, organizasyonel statü ve tarafsızlıkla başarılır.