Hayvan hastalığı tazminatı her yıl Hayvan Hastalıklarında Tazminat Yönetmeliği ile belirlenmekte ve o yılın Tarımsal Desteklemelere İlişkin Bakanlar Kurulu Kararı ve Hayvancılık Desteklemeleri Hakkında Uygulama Esasları Tebliği doğrultusunda hayvan sahiplerine tazminat ödemesi yapılmaktadır. 2017 yılı için Sığır Tüberkülozu, Sığır Brusellozu, Ruam, Koyun Keçi Brusellozu, Afrika At Vebası, Sığır Vebası, Kuş Gribi, Kuduz, Sığırların Nodüler Ekzantemi ve Şap (Bakanlığın belirlediği mücadele bölgelerinde) tazminat hastalıklar kapsamındadır.
Bakanlık, hayvan hastalıklarının yayılmasının önlenmesi ve halk sağlığının korunması amacıyla Hayvan Hastalıklarında Tazminat Yönetmeliğinde belirtilen tazminatlı hastalıklara yakalanmış ya da tazminatlı hastalıktan şüpheli hayvanlar hakkında kesim, itlaf ya da imha kararı verir.
Bakanlıkça belirlenen esaslar çerçevesinde yerel kıymet takdir komisyonu tarafından, işletmenin bulunduğu mahallin rayiç bedellerini dikkate alınarak tazminat bedelleri tespit edilir.
Tazminat ödemesinin yapılabilmesi için Hayvan Hastalıkları Tazminat Desteği Hak Ediş Belgesi tanzim edilir ve Bakanlığımıza gönderilir.